Data mining of Expressed Sequence Tags (ESTs) database for development
of DNA-based markers in peanut (Arachis hypogaea L.)
นิภาวรรณ ลาภบุญเรือง (Nipawan Labbunruang )*
ดร.นภาภรณ์ ตันติสุวิชวงษ์ (Dr.Napaporn Tantisuwichwong )**
รศ.ดร. ชุติพงศ์ อรรคแสง ( Associate Professer Dr. Chutipong Akkasaeng )***
รศ.ดร. สนั่น จอกลอย (Associate Professer Dr. Sanan Jogloy)***
ดร. มณฑิรา มณฑาทอง (Dr. Montira Montatong)**
บทคัดย่อ
Expressed Sequence Tags (ESTs) คือชิ้นดีเอ็นเอที่ได้จากการอ่านลำดับดีเอ็นเอแบบครั้งเดียวผ่าน จากปลาย 3¹ และปลาย 5¹ ของโคลนของ cDNA ในปัจจุบันฐานข้อมูลสาธารณะมีข้อมูลชนิด ESTs ของถั่วลิสง (Arachis hypogaea L.) จำนวนหลายพันชิ้น ในงานวิจัยครั้งนี้ได้สืบค้นข้อมูลชนิด ESTs ของถั่วลิสงจำนวน 492 ชิ้น จากฐานข้อมูลสาธารณะ และวิเคราะห์โดยใช้โปรแกรม SSRIT เพื่อพัฒนาเครื่องหมายดีเอ็นเอชนิด Simple Sequence Repeat (SSR) พบชิ้น EST ที่มี SSR จำนวน 33 ชิ้น คิดเป็นความถี่ของ SSR เท่ากับ 1 ต่อ 6.8 กิโลเบส ชนิดของ SSR แบบ 3 ซ้ำ (trimer) พบมากที่สุดคือ 54.55% รองลงมาคือชนิด 2 ซ้ำ (dimer) 30.30% ส่วนรูปแบบของชุดซ้ำ (motif) AAT และ TC มีความถี่มากที่สุดคือ 9.1% จากนั้นออกแบบไพรเมอร์จำนวน 21 คู่ และนำไปตรวจสอบเครื่องหมาย SSR ภายในจีโนมของถั่วลิสงจำนวน 12 สายพันธุ์ ด้วยการเพิ่มปริมาณ SSR โดยปฏิกิริยาพีซีอาร์และแยกขนาดด้วยเจลโพลีอะคริลาไมด์ 8% พบว่า SSR ที่ปรากฏมีขนาด 76 ถึง 880 คู่เบส จำนวนอัลลีลมีทั้งหมด 64 อัลลีล เฉลี่ย 3.05 อัลลีลต่อ 1 คู่ไพรเมอร์ Polymorphic Information Content มีค่า ตั้งแต่ 0 ถึง 0.97 เฉลี่ยเท่ากับ 0.68 การนำเครื่องมือทางชีวสารสนเทศเพื่อพัฒนาเครื่องหมาย SSR ชนิดใหม่และได้เครื่องหมาย SSR ที่ใช้ในปฏิบัติการทดลอง
คำสำคัญ : Expressed Sequence Tags Simple Sequence Repeat ถั่วลิสง
Keywords : Expressed Sequence Tags (ESTs), Simple Sequence Repeat (SSR), peanut
ABSTRACT
Expressed Sequence Tags (ESTs) are derived by single-pass sequencing of cDNA clones. It is from either the 3¹ end and/or 5¹ end of clones. There are thousands of peanut ESTs available in public database. The objective of this work were to do electronic search 492 peanut ESTs for SSR by using a computer software SSRIT. 33 ESTs were found to contain SSR and the frequency of EST-SSR are one in every 6.8 kb. Trinucleotide repeats was the most abundant SSR types (54.55%) followed by dinucleotid repeats (30.30%). The predomidant motifs were AAT and TC (9.1%). 21 primer pairs were designed and used in amplification of SSR in the presence of DNA from 12 peanut breeding lines. The amplified SSRs were separated in 8% polyacrylamide gel. Size of SSRs varied from 76 to 880 bp. The total number of alleles was 64 with an average of 3.05 alleles per a pair of primers. Polymorphic information content varied from 0 to 0.97 with an average of 0.68. In conclusion, this in silico work identified novel SSR markers of peanut for experimental laboratory work.
* นักศึกษาหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น
**อาจารย์ ภาควิชาชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น
***รองศาสตราจารย์ ภาควิชาพืชไร่ คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น
จากการประชุมทางวิชาการ เสนอผลงานวิจัย ระดับบัณฑืตศึกษา ครั้งที่ 9
วันศุกร์ที่ 19 มกราคม 2550 ณ มหาวิทยาลัยขอนแก่น
The 9th Symposium on Graduate Research, KKU. 19 January 2007
ไม่มีความคิดเห็น:
แสดงความคิดเห็น